Hoi Wous24,

jQuery is als ik het goed zeg een versimpelde versie van javascript. Javascript is veel uitgebreider en volgens mij gebruikt jQuery ook een deel van die library.
Terugkomend op je vraag, heel simpel. Je kunt jQuery/Javascript linken in je header.php of footer.php. Dit kun je doen door middel van de template tag:

<script src="<?php bloginfo('template_directory'); ?>/jouwjsbestand.js" type="text/javascript"></script>

Mocht hij nog in een bepaalde map verstopt zitten:

<script src="<?php bloginfo('template_directory'); ?>/javascript/jouwjsbestand.js" type="text/javascript"></script>

Succes!